1.河道水環(huán)境污染治理狀況嚴(yán)重
隨著工農(nóng)業(yè)的發(fā)展，產(chǎn)業(yè)的轉(zhuǎn)移，高耗水，高污染的企業(yè)向西部轉(zhuǎn)移，向農(nóng)村轉(zhuǎn)移，相應(yīng)的用水和污水排放相應(yīng)的加大，農(nóng)村河道污染治理面臨著用水量和排污量加大的矛盾，各個利益部門又都是希望自己的利益最大化，很難站在全流域和長遠(yuǎn)的角度進(jìn)行決策，流域上下游、左右岸之間的利益沖突將凸顯，缺乏必要的利益協(xié)調(diào)機(jī)制。
2.河道被占用和堵塞嚴(yán)重，暢通工程任務(wù)艱巨
伴隨著經(jīng)濟(jì)社會的快速發(fā)展和城市化進(jìn)程的加快，河道水系被打散打亂，在發(fā)展交通道路，特別是經(jīng)濟(jì)開發(fā)區(qū)的開發(fā)過程中，缺乏對河道的有效保護(hù)，隨意占用調(diào)蓄水面、填堵引排河道、侵占河湖水面事件時有發(fā)生；大量泥沙和有害物質(zhì)的沉積加快了河道淤積和污染；以暢通河道為主的河網(wǎng)水系恢復(fù)工程任務(wù)艱巨，想要恢復(fù)到20世紀(jì)70年代的河網(wǎng)水系和水質(zhì)狀況需要付出幾倍的物力、材力。
3.傳統(tǒng)的河道治理，破壞了水環(huán)境生態(tài)系統(tǒng)，導(dǎo)致水災(zāi)加劇，生物多樣性消失
傳統(tǒng)的河道治理主要是考慮防洪和排澇，從水力學(xué)角度通過改善河道的水力性能，達(dá)到行洪排澇的目地，在局部范圍內(nèi)能對減輕水災(zāi)起到了一定的作用，但是忽視了洪水的不可消除性，反而使水災(zāi)向下游轉(zhuǎn)移，使下游洪水頻發(fā)，加劇了防汛薄弱地帶的水災(zāi)問題，主要表現(xiàn)在兩方面：一方面由于除險加固后的河道大都是裁彎改直，增加了河岸水力性能，使水流流速加快，水體動能增加，水流具有更強(qiáng)的破壞力，另一方面，防洪堤建造與河床的深挖嚴(yán)重破壞了河道的自然結(jié)構(gòu)，使大面積河灘、河岸植被、洼地等消失，導(dǎo)致了河道內(nèi)在滯洪功能消失，加劇了流域水災(zāi)的危害性和嚴(yán)重性。此外，傳統(tǒng)的河道治理大部分采用的是漿砌塊石和埋石砼，嚴(yán)重的破壞了河道的自然結(jié)構(gòu)，使河岸的植被帶被隔斷，使水、土、植物、生物等之間形成的物質(zhì)和能量循環(huán)系統(tǒng)被徹底破壞，不僅切斷了地下水的補(bǔ)充通道，使地下水位不斷下降：而且使生物生態(tài)環(huán)境破壞，許多生物無處安身，物種隨之消失，自然河道形態(tài)彎曲，河床起伏，水流有緩有急，形成了豐富多樣的生態(tài)環(huán)境組合，為生物的多樣性提供適宜的生存環(huán)境，但是漿砌塊石和砼的擋墻和護(hù)坡的建設(shè)，室息了土壤的呼吸，抑制了植物的生長和魚類的生存，減弱了水體的自凈能力，降低了河流的環(huán)境容量，加上社會的發(fā)展，人們的生活用水和污染物的增加，導(dǎo)致了河流水質(zhì)惡化。
4.河道管理權(quán)限和責(zé)任不清，管理體制不明確
農(nóng)村河道管理工作點(diǎn)多、面廣，涉及行業(yè)較多，任務(wù)繁重，河道管理體制長期存在著“多龍管水，職責(zé)不清”的現(xiàn)象，造成河道的開發(fā)、利用、保護(hù)、管理各環(huán)節(jié)之間協(xié)調(diào)困難，目前農(nóng)村河道長效管理工作只有大一點(diǎn)的河道由各級水行政主管部門管理，且水行政執(zhí)法地位不高，權(quán)威尚未樹立起來，在部分的農(nóng)村河道都是由鄉(xiāng)鎮(zhèn)、村級等機(jī)構(gòu)管理，管理體制不順，個別地區(qū)作為主管部門的水利站管理職責(zé)被弱化，甚至已排除在河道管理主體之外，造成條線管理不順，很難將一些管理要求貫徹下去，依法治水的難度較大，致使不少侵占河道、污染河水等違法行為無法得到及時嚴(yán)肅的查處，助長了涉水違法現(xiàn)象的滋生和蔓延。同時鎮(zhèn)與鎮(zhèn)，村與村之間的交界河道還不夠明確，制約了長效管理工作有效開展。
